L'influenza della Via Appia sui territori non originariamente romani, è particolarmente apprezzabile nel tratto del sito che attraversa la città di Fondi.
Si tratta infatti di un'antica città aurunca situata originariamente sul Monte Pianara, che vide una migrazione in pianura dei suoi abitanti grazie alla cosiddetta pace romana.
Le imponenti mura della città, adiacenti alla Via Appia, ne testimoniano la forma e la monumentalità. Si tratta di mura poligonali che definivano un perimetro quasi quadrato di circa 376 x 364 metri, perfettamente orientato secondo i punti cardinali. Le mura, che conservano tracce di finestrelle per le baliste, furono restaurate e sopraelevate nel corso dei secoli.
La città era dotata di quattro porte d'accesso situate al centro di ogni lato, e difese da torri quadrate e rotonde. A testimonianza resta perfettamente conservata Porta Portella con il suo arco, le due torri quadrate avanzate e al suo interno una piccola corte di guardia con controporta per migliorare la difesa.
Le epigrafi sulle mura ne documentano la costruzione voluta dal Senato e realizzata dagli edili intorno al II sec a.C. Quando parliamo di Via Appia quale incontro di civiltà ci riferiamo anche a questo: intorno a tale periodo infatti, si data anche la concessione della cittadinanza romana agli abitanti di Fundi e la costruzione di importanti opere pubbliche (tempio di Giove, acquedotto), che ne favorirono lo sviluppo e l'integrazione con la cultura urbana di Roma.
All'interno delle mura, l'impianto urbanistico della città è un raro esempio ben conservato della forma ortogonale delle città romane: una rete di strade che si intersecano ad angolo retto, definendo quadrati di circa 45 metri. La fascia centrale, più ampia, ospitava il Foro. L'asse principale della città, oggi Corso Appio Claudio, è la diretta continuazione della Via Appia.
All'uscita della città, si possono ancora osservare i resti di un impianto termale di età imperiale, riportati alla luce negli anni '60.
