L'Ufficio delle Acque reflue cura l'applicazione della disciplina per la tutela delle acque superficiali, marine, costiere e sotterranee perseguendo gli obiettivi di:
prevenire e ridurre l'inquinamento ed attuare il risanamento dei corpi idrici inquinati; conseguire il miglioramento dello stato delle acque ed adeguata protezione di quelle destinate a particolari usi; impedire un ulteriore deterioramento, proteggere e migliorare lo stato degli ecosistemi acquatici e di quelli terrestri per gli aspetti dipendenti dal fabbisogno idrico.
In particolare si occupa: